生物有机肥发酵制作过程中一般都是复合菌剂使用的比较多，针对需要降解的不同物质或不同的堆肥目的选用不同的菌种，比如原料是秸秆类就要先能降解纤维素类的，要控制高温期的温度和持续时间就要不同菌种来配比。不同菌剂区别就是针对的原材料不同，效果不同，内在原因就是菌种种类不同，配比不同。
通常生物有机肥发酵过程中，需要的菌有细菌、真菌、放线菌等类型。
其中：
细菌——快速吸收可溶性、易分解的有机物，对发酵升温起到主要作用。
放线菌——分解纤维素、溶解木质素，降解纤维能力不及真菌，但是比真菌耐受高温和PH，是高温期分解纤维素、木质素的优势菌，且能产生一些抗生素，抑制部分有害菌的生长。
真菌——分解木质素、纤维素。最适生长温度是25-30℃，产生孢子，不易被杀灭。
堆肥中，细菌总数＞放线菌＞真菌。
另外在生物有机肥堆肥的大小也有讲究，需要注意平衡：一个是微生物有机肥发酵菌堆肥大小，微生物有机肥发酵菌堆肥如果太小堆，热量主容易散失，堆肥就不易发热；微生物有机肥发酵菌堆肥如果太大堆，空气就不容易渗透到最里面去，就会产生空气不足的问题。另一个微生物有机肥发酵菌堆肥材料的颗粒大小，如果颗粒太大，那表面积就相对较小，分解的速度会比较慢；如果颗粒太小，空气就不容易进入 ，一样会有空气不足的问题。